蜜蜂所面向世界农业科技前沿，面向国家重大需求，面向现代化农业建设主战场，面向人民生命健康，积极开展双边、多边和民间等多种形式的国际合作，合作领域和对象日趋广泛，国际地位与话语权与日俱增，对外开放水平与影响力不断提升。在新的时代背景下，蜜蜂所不仅肩负着蜂业科技创新能力建设的任务，还承担着执行国家重大战略决策、打造周边科技创新合作共同体的义务，应加快培育国际农业科技竞争新优势，促进国际合作工作快速平稳开展，成为国家蜂业科技外交的倚重力量。

研究所与联合国粮食及农业组织（FAO）、国际标准化组织（ISO）、世界动物卫生组织（OIE）、国际蜂业联合会（APIMONDIA）、亚洲蜂业联合会（AAA）、美国农业部农业研究局蜜蜂研究中心、韩国农村振兴厅、加拿大圭尔夫大学、康奈尔大学等国际组织及研究机构长期合作，开展蜂产业技术研究、开发、技术转移与培训、青年学者交流、技术示范等相关工作任务。研究所与英国自然历史博物馆、韩国农村振兴厅、美国加州大学欧文分校、美国弗洛里达大学、美国中央州立大学、美国堪萨斯州立大学、美国亚利桑那州立大学、泰国清迈大学、美国密歇根州立大学、美国加利福尼亚大学、加拿大圭尔夫大学、以色列农业研究组织植物保护研究所、以色列海法大学、英国埃克塞特大学、埃塞俄比亚麦克雷大学等国际知名蜂业研究机构签署合作协议。

研究所现有博士留学生5人，中国-荷兰瓦赫宁根大学合作办学博士研究生6名。柔性引进美国农业部农业研究局蜜蜂研究中心及英国自然历史博物馆生命科学系教授共计2人担任研究所客座荣誉教授。目前有20余名科研人员在国际机构和刊物兼职，在全球蜂业科技发展与国家间合作，以及提升我国蜂产业国际影响力和竞争力方面做出卓越贡献。